Multi-SIM超分辨显微镜在细胞自噬机制研究中的关键作用
Multi-SIM
助力研究新发现
中国科学院张宏院士团队运用Multi-SIM
揭示细胞自噬关键机制
发表期刊
《Molecular Cell》
论文标题
“Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II β decodes ER Ca2+ transients to trigger autophagosome formation”

细胞自噬是细胞应对压力、维持稳态的重要机制,其中自噬体的形成是细胞自噬的关键环节。虽已知内质网表面的钙瞬变引起参与自噬起始的FIP200复合物发生液-液相分离,形成的FIP200凝聚体与内质网膜蛋白VAPs和ATLs结合,定位于内质网,成为自噬体起始位点。但内质网表面钙瞬变在诱导自噬期间的信号持续和触发FIP200凝聚体形成的分子机制仍不明确。
张宏院士研究团队的新发现:
①CaMKIIβ 能够整合内质网表面的钙瞬变,触发自噬体起始复合物FIP200的液-液相分离;
②在内质网钙瞬变的响应下,CaMKIIβ从肌动蛋白丝中被招募并形成凝聚体,这些凝聚体作为FIP200点的出现或相互作用的位点;
③并且CaMKIIβ在Thr269、Thr1127和Ser1484位点磷酸化FIP200,调节液液相分离和FIP200复合物的特性,从而控制其在自噬体形成中的功能。
Muti-SIM在该文章里的贡献
1. 清晰分辨各组中不同尺寸的LC3的环形结构
Multi-SIM成像结果直观呈现出CaMKIIβ对细胞自噬的影响。饥饿处理后,CaMKIIβ敲除的细胞中LC3标记的自噬小体的尺寸明显小于对照组细胞,表明 CaMKIIb 对自噬体形成起关键作用。

图注:在Multi-SIM系统上采集sfGFP-LC3转染的COS7细胞荧光图像,对LC3环直径进行定量分析(n=35)。比例尺:2 μm。
2. 精准捕捉FIP200复合物的动态变化
在对照组细胞中,FIP200和WIPI2从最初的聚集体逐渐形成环状结构,最终解离。而在CaMKIIβ KO细胞中,出现了如小点无法正常扩展、形成自噬体后无法闭合以及形成不规则环状结构等缺陷。这些细微且关键的差异在Multi-SIM超分辨长时程成像下清晰可见。

图注:用Multi-SIM对表达mGFP-FIP200和WIPI2-mCherry的COS7细胞进行长时程的动态成像结果(细胞饥饿3小时后,以15秒的间隔进行60分钟的超分辨成像)。在对照细胞(表达SNAP-CaMKIIβ的CaMKIIβKO细胞)中,FIP200/WIPI2小点会逐渐行程环状结构。随后FIP200/WIPI2会从环上解离并消失(P)。在CaMKIIβ KO细胞中观察到了三种(Class I、II、III)类型的自噬缺陷(Q-S)。对不同组的FIP200/WIPI2聚集体数量进行定量比较(T),CaMKIIβ KO细胞组的聚集体明显多于对照组。比例尺:1 μm,***p < 0.001。
3. 清晰分辨CaMKIIβ 聚集体和内质网的关系
张宏研究团队通过Multi-SIM超分辨成像发现,CaMKIIβ聚集体与内质网有多种位置关系,主要包括:小的CaMKIIβ聚集体附着在内质网上并随其移动(第I 类);内质网通过锚定在静止的CaMKIIβ聚集体上进行重塑(第II 类);内质网管朝着CaMKIIβ聚集体移动并与其接触(第III 类)。

图注:在COS7细胞中表达SNAP-CaMKIIb和GCaMP6f-CYB5,分别指示CaMKIIb聚集体(绿色)和内质网(红色)。白色箭头表示CaMKIIb聚集体与内质网的关系。比例尺:1 μm(B,C);500 nm(D)
4.可视化CaMKIIβ、FIP200聚集体和内质网之间的相互作用关系
通过Multi-SIM中Time-Lapse成像助力分析揭示FIP200/CaMKIIβ/内质网的时空关联情况。
首先,多数FIP200聚集体在CaMKIIβ聚集体附近出现并出现信号增强,FIP200 聚集体向CaMKIIβ聚集体迁移并附着或者离开,在此过程中相邻的FIP200聚集体也会发生融合;
FIP200/CaMKIIβ与内质网也存在复杂的相互作用模式,从长时程的结果中可归纳为:FIP200聚集体在附着于内质网链的CaMKIIβ聚集体上生长(I类)或与其松散结合(II类);附着FIP200聚集体的内质网链沿着CaMKIIβ聚集体滑动,将FIP200聚集体运输到远处与其他FIP200 聚集体融合(图III类);最后FIP200/CaMKIIβ聚集体与内质网分离(IV 类)。


图注:,在COS7细胞中表达mGFP-FIP200、SNAP-CaMKIIβ和mCherry-scc61β,分别指示FIP200(绿色)、CaMKIIβ (F-G品红色,I-K红色)聚集体和内质网(灰色)。(F - H)CaMKIIβ聚集体和FIP200聚集体之间的关系代表性图像。白色箭头指示FIP200 聚集体向CaMKIIβ聚集体迁移并附着或者迁移离开,黄色箭头指示相邻FIP200聚集体的融合(G)。(I - L)CaMKIIβ聚集体/FIP200聚集体与内质网之间的关系代表性图像。品红色箭头指示FIP200聚集体,虚线圆圈指示CaMKIIβ聚集体,绿色箭头指示 CaMKIIβ聚集体,白色线条勾勒出内质网链。(H)与(L)代表不同类型关系的量化结果。比例尺:1μm(F,G,K);200nm(I、J)。
Muti-SIM在该文章里的贡献总结
在该研究中,Multi-SIM技术展现出了至关重要的应用价值。研究团队通过Multi-SIM完成一系列荧光成像,尤其是利用长时程成像手段,对自噬形成过程中相关蛋白的动态变化进行了详尽追踪。在实验过程中,它成功捕捉到了如FIP200、CaMKIIβ等蛋白在不同条件下的变化细节,为该研究提供了高质量的可视化数据。
在该工作中Multi-SIM主要发挥了两大突出优势。一方面,其高达85 nm的光学分辨率,有效满足了分辨聚集体向环状结构转变以及精准呈现聚集体与内质网相互作用的需求,使研究人员能够细致观察到微观层面的结构变化;另一方面,凭借超低光毒性的特点,Multi-SIM极为适用于活细胞长时程拍摄。无论是监测点与点之间,还是点与线状结构之间的动态相互作用,都能够在最大程度减少对细胞生理活动干扰的前提下,持续稳定地获取数据,有力地推动了整个研究的进展。
https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(24)01000-1
